1、概念不同。质粒是细菌、酵母菌和放线菌等生物中染色体（或拟核）以外的DNA分子。载体：某些能传递能量或运载其他物质的物质。

2、存在不同。质粒广泛存在于生物界，从细菌、放线菌、丝状真菌、大型真菌、酵母到植物，甚至人类机体中都含有。载体只作为两个物质之间沟通的桥梁。