1、定义不同。巴氏奶是国家标准中的巴氏杀菌乳，常温奶是国家标准中的灭菌乳。

2、工艺不同。巴氏奶采用巴氏杀菌对牛奶进行杀菌，有低温，高温的区别，但杀菌温度不一般不超过80度。常温奶采用超高温瞬时灭菌对牛奶进行杀菌，杀菌温度一般都超过了135度。

3、营养成分不同。巴氏奶比常温奶多的是牛奶中的过氧化酶等这类物质，常温奶由于加工温度过高导致活性酶都失活了。