1、认证途径不同：自营旗舰店是指生产厂家自己经营的旗舰店；旗舰店指的是经生产厂家认可旗舰店。

2、销售方式不同：自营店就是销售平台的供货商；而旗舰店就是品牌方开的店铺，象征着品牌。

3、销售渠道不同：自营就是厂家卖给店家，以后店家再卖给消费者；品牌方开的旗舰店就是由厂家卖给消费者。

4、物流不同：自营店是从商家那里采购回来放在仓库，用自己的物流配送，速度比较快，有问题上门取件会给更换；旗舰店一般是入驻的商家，有第三方物流，相对会慢一些。

5、毛利润不同：自营店利润低，账期久；旗舰店无假货，利润相对高。