1、性质不同：北芪为多年生宿根性豆科植物， 多为野生， 后来经过发展也有许多是经过人工种植的。黄芪为豆科植物蒙古黄芪的根。

2、产地不同：北芪主要就是北方生产的黄芪，比如产于黑龙江，内蒙古和山西等地的黄芪即为北芪。而黄芪的产地大多是在南方地区生长的。一般在医生开处方的时候，会用北芪这个名字与其它产地的黄芪作区分。

3、效果不同：南方生长的黄芪功效与北芪的差别较小，但是不如北芪温热，更适合南方地区使用。一般在保健或者治疗中，使用的黄芪大多是生黄芪，即晒干后的黄芪切片，可以用来煲汤，泡水饮用等。

4、北芪与黄芪效果差不多。 黄芪属于中药材的通用名称，而北黄芪是属于黄芪的一种，两者的作用都是补气固阳、固表敛汗、利水消肿，一般市面上能流通的，品质和药效都不会有太差，两者也不会有太大区别，只是生活在北方地区的市面上北黄芪相对更常见一些。