1、基因工程中的构建基因表达载体需用到限制酶和DNA连接酶，限制酶会识别限制酶切割位点(即某个DNA序列，如AACC--TTGG，当然，不同的限制酶作用位点不一)，限制酶能将磷酸二酯键切断，不是随便切断，而是特定的。

2、限制性内切酶在DNA双链上所识别的一些特殊序列。在分子生物学和基因工程中常用的Ⅱ型限制性内切酶识别的多为4、6或8对核苷酸的双链回文序列。