1、生长环境不同：生蚝一般生长在半咸半淡的水域中，也就是大海和江河的结合处；牡蛎一般生长在大海边的礁石上，或有盐味的水域中。

2、大小不同：生蚝的个头比牡蛎的个头大，一个生蚝的重量大约在1斤左右，而牡蛎的个头普遍较小，大约是生蚝的二分之一。

3、肉色不同：生蚝的肉色大多为乳白色；而牡蛎的肉色则为淡青色。

4、制作方法不同：生蚝的制做法有碳烤、清蒸、蒜蓉等；而牡蛎的制作做法比较丰富，如：煮汤、晒成干制品、炒着吃等。