1、意思不同。善于表示在某方面擅长，有专长。擅长除了表示在某方面有专长，还可以表示专门宣扬自己的长处。

2、出处不同。善于出自清魏源 《圣武记》卷六：缅人善於操舟。擅长出自宋叶适 《＜沉子寿文集＞序》：余尝患文人擅长而护短，好自矜耀，挈其所能，莫与为比，而视他人顾若无有。

3、用法不同。善于是一个副词，后接动词，起修饰成分，在某一方面比较熟悉，能运用自如。含有在某一方面好一点的意思，如善于学习。擅长是一个动词，后接名词，表示在某一专业方面特别精通。如擅长做饭。